1898年7月,清光绪帝正式下令,批准设立京师大学堂。1898年至1900年的京师大学堂(后来被称为“戊成大学”),一切因陋就简,因此,它在实质上仍然是一所封建主义、并带有近代资本主义性质的旧式书院。1900年,八国联军入侵北京,京师大学堂遭到破坏,校舍被占,图书设备被毁,大学堂难以维持,于8月3日被下令停办。

1902年12月17日学堂恢复,藏书楼也于同年重设,派吏部尚书张百熙为管学大臣,吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习,严复和林纾分任大学

堂译书局总办和副总办,各个方面开始步入正轨。先设速成、预备两科。速成科分仕学、师范两馆,预备科分政科及艺科。

随着时间发展,京师大学堂设立了进土馆、译学馆及医学实业馆。后京师大学堂开办分科大学,共分七科,设十三学门,分别是诗经、周礼、春秋左传(经科);中国文学、中国史学(文科);政治、法律(法政科);银行保险(商科);农学(农科);地质、化学(格致科);土木矿冶(工科),一个近代意义的综合性大学初具规模。

1912年,曾翻译《天演论》的严复被任命为京师大学堂总监督,接管大学堂事务。京师大学堂本身也越来越类似现代意义上的大学。1912年5月,京师大学堂正式更名为北京大学,严复成为北京大学的首任校长。